Art. 7 ustawy o izbach aptekarskich określa główne zadania, należące do samorządu aptekarskiego. Jest to w szczególności:
1) reprezentowanie zawodu aptekarza i obrona jego interesów;
2) troska o zachowanie godności i niezależności zawodu;
3) kodyfikowanie, krzewienie i strzeżenie zasad etyki i deontologii zawodowej;
4) integracja środowiska zawodowego;
5) sprawowanie pieczy i nadzoru nad wykonywaniem zawodu;
6) współdziałanie z organami administracji publicznej, związkami zawodowymi i samorządami zawodowymi oraz innymi organizacjami społecznymi w sprawach związanych z wykonywaniem zawodu i innych dotyczących farmacji, a mających wpływ na ochronę zdrowia publicznego;
7) współpraca z towarzystwami naukowymi, szkołami wyższymi i jednostkami badawczo-rozwojowymi w kraju i za granicą;
8) prowadzenie działalności samopomocowej oraz innych form pomocy materialnej dla członków samorządu i ich rodzin;
9) zajmowanie stanowiska w sprawach organizacji ochrony zdrowia i gospodarki produktami leczniczymi;
9a) udzielanie informacji dotyczących zasad wykonywania zawodu, zasad etyki zawodowej, przepisów dotyczących ochrony zdrowia i ubezpieczeń społecznych;
10) wykonywanie innych zadań określonych odrębnymi przepisami.
Zadania określone powyżej samorząd aptekarski wykonuje w szczególności przez:
1) stwierdzenie prawa wykonywania zawodu aptekarza;
2) prowadzenie rejestru farmaceutów;
3) (uchylony)
4) współdziałanie w sprawach specjalizacji zawodowej;
5) udział w komisjach konkursowych na stanowiska określone w odrębnych przepisach;
6) opiniowanie projektów aktów normatywnych dotyczących produktów leczniczych, aptek i wykonywania zawodu aptekarza2) oraz występowanie z wnioskiem o podjęcie inicjatywy ustawodawczej;
7) wydawanie opinii w sprawach udzielania lub cofania zezwoleń na prowadzenie aptek lub hurtowni;
8) (uchylony)
9) opiniowanie i wnioskowanie w sprawach kształcenia przed- i podyplomowego farmaceutów i techników farmaceutycznych;
10) prowadzenie badań dotyczących służb farmaceutycznych i wykonywania zawodu aptekarza2);
11) występowanie w obronie interesów indywidualnych i zbiorowych członków izb aptekarskich;
12) sprawowanie sądownictwa dyscyplinarnego w zakresie odpowiedzialności zawodowej aptekarzy2) oraz sądownictwa polubownego;
13) prowadzenie działalności gospodarczej, wydawniczej i zarządzanie majątkiem izby.